José María Guido asumió la presidencia el 29 de marzo de 1962, tras la detención de Arturo Frondizi por parte de las Fuerzas Armadas. Su acceso al poder se basó en la aplicación de la Ley de Acefalía, que establecía que el presidente provisional del Senado debía asumir en caso de ausencia del presidente y el vicepresidente. Su gobierno estuvo marcado por la presión militar y la crisis política, derivada de la proscripción del peronismo y la intervención de varias provincias. En este contexto, debió enfrentar tensiones entre sectores del Ejército, con intentos de golpe de Estado y conflictos entre azules y colorados, facciones militares con posturas distintas respecto a la participación política del peronismo. Pese a las dificultades, logró convocar a elecciones en 1963, en las que resultó elegido Arturo Illia, permitiendo el regreso del orden constitucional.
Desde este acontecimiento se estuvo planeando un golpe de Estado militar para tomar el poder de la Argentina. Se planeaba erradicar al peronismo y gobernar durante 40 años. Arturo Illia se resistió, pero no aguantó mucho y llegó al poder el general Juan Carlos Onganía.
En 1963, triunfó el doctor Arturo Illia, de la Unión Cívica Radical del Pueblo, con el 25% de los votos en unas elecciones en las que el voto en blanco peronista fue masivo. El 7 de agosto de 1964, el general Onganía pronunció en la Academia Militar de West Point, Estados Unidos, durante la Quinta Conferencia de Ejércitos Americanos, un discurso que preanunciaba la Doctrina de la Seguridad Nacional, según la cual el enemigo estaba ahora fronteras adentro. Los opositores eran calificados genéricamente como comunistas.
La presidencia de Arturo Illia (1963-1966) se caracterizó por su respeto por las instituciones democráticas y políticas sociales y económicas. Implementó medidas para controlar la inflación, logró un crecimiento económico sostenido y aumentó significativamente el presupuesto en educación y salud. Además, anuló los contratos petroleros firmados durante el gobierno de Frondizi, lo que generó conflictos con sectores empresariales y militares. A pesar de sus logros, su gestión enfrentó una fuerte oposición de sectores económicos, militares y parte de la prensa, que lo presentaban como un líder débil y lento en la toma de decisiones. Esta situación facilitó su derrocamiento el 28 de junio de 1966 mediante un golpe militar encabezado por el general Juan Carlos Onganía.
El 29 de mayo de 1966, día del Ejército, el general Pistarini le puso plazo al golpe: 30 días. El gobierno, a pesar de las presiones, insistió en legalizar al peronismo y permitió su participación en elecciones provinciales. En este contexto, fue enviado al Parlamento un novedoso proyecto de Ley de Medicamentos, que limitaba el accionar de los poderosos laboratorios multinacionales y les imponía controles sanitarios. En las primeras horas del 28 de junio de 1966, cumpliendo su amenaza, las Fuerzas Armadas ingresan a la Casa Rosada. El general Julio Alsogaray, hermano del famoso economista, es el encargado de intimar al presidente. En esas circunstancias, se produjo un recordado diálogo:
Alsogaray: “En representación de las Fuerzas Armadas vengo a pedirle que abandone este despacho”. Illia: “Usted no representa a las Fuerzas Armadas, sólo representa a un grupo de insurrectos. Usted y quienes lo acompañan actúan como asaltantes nocturnos, que, como los bandidos, aparecen de madrugada”. Alsogaray: “Lo invito a retirarse. No me obligue a usar la violencia”. Illia: “¿De qué violencia me habla? La violencia la acaban de desatar ustedes. El país les recriminará siempre esta usurpación”. Finalmente, el presidente Illia fue sacado por la fuerza de la Casa de Gobierno y los militares se hicieron cargo del poder. El día 30 de junio, asumió el nuevo presidente, Juan Carlos Onganía, jurando sobre los estatutos de la autodenominada «Revolución Argentina».
En mayo de 1969, comenzaron a evidenciarse los síntomas de un descontento que venía creciendo entre distintos sectores de la población debido al cierre de los canales de participación política, la política educativa, social y económica del gobierno.
